Berdasarkan Peraturan Walikota Nomor 71 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Struktur Organisasi, Tugas Pokok, Fungsi, Uraian Tugas dan Tata Kerja Dinas Pangan, Pertanian dan Perikanan Kota Pontianak, Struktur organisasi Dinas Pangan, Pertanian, dan Perikanan Kota Pontianak adalah sebagai berikut:

  1. Kepala Dinas.
  2. Sekretaris.
    • Kepala Sub Bagian Umum dan Aparatur;
    • Kepala Sub Bagian Perencanaan;dan
    • Kepala Sub Bagian Keuangan.
  3. Kepala Bidang Ketersediaan, Distribusidan Konsumsi Pangan.
    • Kepala Seksi Ketersediaan Pangan;
    • Kepala Seksi Distribusi Pangan;dan
    • Kepala Seksi Konsumsi Pangan.
  4. Kepala Bidang Pertanian.
    • Kepala Seksi Tanaman Pangan dan Hortikultura;dan
    • Kepala Seksi Pengolahan dan Pemasaran Hasil Pertanian.
  5. Kepala Bidang Peternakan.
    • Kepala Seksi Produksi, Pengolahan dan Pemasaran Hasil Peternakan;dan
    • Kepala Seksi Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner.
  6. Kepala Bidang Perikanan.
    • Kepala Seksi Perikanan Tangkap;dan
    • Kepala Seksi Perikanan Budidaya.
  7. Kepala Unit Pelaksana Teknis Dinas.
  8. Kelompok Jabatan Fungsional Tertentu.